Cet axe de recherche vise à déchiffrer les réponses cellulaires à l’infection virale au niveau moléculaire, en utilisant comme modèles complémentaires le VIH dans les macrophages, et le parvovirus B19 dans les cellules érythroïdes.

L’objectif majeur est d’élucider l’influence du cycle de division et l’état de différenciation sur la capacité de la cellule hôte à détecter, contrôler ou, au contraire, favoriser la réplication virale. Une attention particulière est portée sur le rôle du facteur de restriction SAMHD1, dont l’activité est contrôlée au niveau post-transcriptionnel selon l’état cellulaire.

L’approche est multidisciplinaire, combinant virologie, immunologie cellulaire et moléculaire, imagerie et analyses omiques, notamment (épi-)transcriptomique et protéomique. Des outils de modification génomique, notamment CRISPR/Cas9, sont utilisés pour valider les mécanismes identifiés. Ces travaux permettront de faire progresser la compréhension du dialogue hôte/virus, et de faire émerger des stratégies innovantes d’amélioration de la réponse immunitaire aux infections virales, applicables à l’échappement tumorale et aux maladies auto-immunes.

PI : Z. Kadri (CEA), A. Zamborlini (PU)

Ces recherches ont pour objectif l’étude des interactions cellulaires et moléculaires des microorganismes pathogènes avec leur hôte afin de mieux comprendre les mécanismes par lesquels ils induisent la maladie. Il s’agit notamment d’étudier la réponse immunitaire que l’hôte développe naturellement lors d’une infection, depuis les étapes précoces inflammatoires jusqu’à la mise en place d’une mémoire immunitaire de long terme.

Il est ainsi possible de mettre en évidence les dérégulations de cette réponse qui caractérisent, d’une part certaines maladies aiguës telles que les pneumonies, le sepsis, les infections virales sévères comme la grippe, la Covid-19 ou les infections par les arbovirus comme chikungunya, la dengue, la fièvre jaune ou zika, et d’autre part les maladies infectieuses chroniques, comme le Sida ou la tuberculose.

La compréhension des mécanismes sous-jacents est nécessaire pour élaborer de nouvelles approches thérapeutiques, notamment des immunothérapies, ou de prévention, comme les vaccins.

PI : A-S. Beignon (CNRS), M. Cavarelli (CEA), Z. Kadri (CEA), M. Labetoulle (PU-PH), F. Martinon (Inserm), E. Menu (Inserm), N. Seddiki (CEA), K. Sii Felice (CEA), A. Zamborlini (PU)

Ces recherches explorent les interactions entre le système immunitaire, le microenvironnement et les agents pathogènes au niveau des muqueuses, à l’aide de modèles in vitro, ex vivo et in vivo pour comprendre les mécanismes qui déterminent la susceptibilité ou la résistance aux infections.

Dans le cadre des infections sexuellement transmissibles (IST), les chercheurs étudient comment l’inflammation et le microbiote influencent la transmission de Chlamydia trachomatis et du VIH-1/SIV. Ils évaluent des interventions modulant le microbiote et analysent le rôle des phagocytes mononucléés dans l’infection et l’inflammation.

Du côté des infections respiratoires et à l’aide de modèles d’infection chez le primate non humain et de cultures 3D humaines, les chercheurs décryptent les mécanismes reliant inflammation, déséquilibre immunitaire et lésions tissulaires induites par le VRS, le SARS-CoV-2 ou le virus de la grippe. Enfin, dans le domaine de la transplantation pulmonaire, ils développent des approches de thérapie génique pour renforcer la résistance des greffons aux infections chez les patients immunodéprimés.

PI : M. Cavarelli (CEA), E. Menu (Inserm), K. Sii Felice (CEA)

Ces recherches portent sur le développement et la maturation du système immunitaire au cours de l’âge infantile, ainsi que sur les réponses aux infections naturelles et aux vaccinations chez le nourrisson. Elles visent à caractériser les réponses innées et adaptatives de la naissance à l’âge juvénile, et à évaluer la capacité du système immunitaire à éliminer les infections et à limiter la transmission des agents pathogènes.

Les interventions immunitaires sont étudiées via le transfert d’anticorps maternels et par des approches directes chez l’enfant, telles que la vaccination ou l’administration d’immunoglobulines. L’influence des modifications précoces du microbiote, ainsi que l’effet des infections sur le microbiote sont aussi analysés.

Ces travaux intègrent des modèles précliniques et des échantillons humains pour valider les biomarqueurs et décrypter les mécanismes immunologiques. Ils contribuent à une compréhension approfondie du développement et du fonctionnement du système immunitaire infantile, avec des implications directes pour la santé.

PI : E. Menu (Inserm), N. Seddiki (CEA), C. Vauloup-Felloup (PU-PH)

L’objectif principal de ces recherches est d’identifier les interactions entre d’une part les agents infectieux responsables de maladies du globe oculaire et des tissus neurologiques connectés, et d’autre part le système immunitaire, qu’il s’agisse des réactions immunes innées ou adaptatives. En effet, les maladies oculaires d’origine infectieuses résultent le plus souvent d’une combinaison de la destruction tissulaire induite directement par l’agent infectieux et des dégâts tissulaires générés par la réaction immunitaire dirigée contre cet agent infectieux.

Une meilleure caractérisation de ces mécanismes est l’étape indispensable pour le développement de nouvelles cibles thérapeutique ou de nouveaux tests diagnostiques permettant d’identifier plus rapidement les patients à risque de complications post-infectieuses majeures, ou de récidive infectieuse, afin de proposer une thérapeutique personnalisée.

Ces travaux portent essentiellement sur les complications oculaires et neurologiques provoquées par le virus herpès de type 1 (HSV1), qui a récemment été considéré comme impliqué dans la pathogénie de la maladie d’Alzheimer.

PI : O. Haigh (CEA) , M. Labetoulle (PU-PH), A. Rousseau (PU-PH)

Ces recherches visent à décrypter comment les vaccins et leurs adjuvants induisent et maintiennent une mémoire immunitaire et une protection contre les maladies infectieuses, à la fois systémique et tissulaire. Elles examinent les rôles de la biodistribution et la persistance des vaccins, des réponses précoces, locales et systémiques, de la réponse innée effectrice mais également de la réponse innée mémoire, c’est-à-dire de l’immunité entrainée, et la contribution des cellules non-immunitaires.

Ces recherches explorent également l’influence des mémoires préexistantes, du microbiote, de l’âge et de l’inflammation chronique sur l’efficacité vaccinale. Des modèles mathématiques des réponses vaccinales complémentent nos études in vitro et in vivo pour mieux comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires mis en jeu, générer des hypothèses mécanistiques et les tester in silico.

PI : A.-S. Beignon (CNRS), F. Martinon (Inserm)